此书目不是作者执笔前全部参考资料的汇集，而仅限于在注释中提到的文献。排列次序以Wade Giles拼音为序，以便与英文版并行。也有若干书籍在英文版中引用而本书未加引用，则不列在本书目内。

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《张居正书牍》（上海群学书社1917版）

张瀚　《松窗梦语》（《武林往哲遗著本》）

陈洪谟　《继世纪闻》（《纪录汇编》本）

陈洪谟　《治世余闻》（《纪录汇编》本）

陈文石　《明洪武嘉靖间的海禁政策》（台北1966版）

郑晓　《今言》（《纪录汇编》本）

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程宽正　《戚继光》（重庆1943版）

焦竑　《国朝献征录》（台北学生书局1965版）

焦竑　《澹园集》（金陵丛书本）

钱穆　《国史大纲》第十版（台北1966版）

戚继光　《纪效新书》（1841版）

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周玄暐　《泾林续记》（《涵芬楼秘笈》本）

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朱谦之　《李贽：十六世纪中国反封建思想的先驱者》（武汉1956版）

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苏同炳　《明代驿递制度》（台北1969版）

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宋应星　《天工开物》（《人人文库》本）

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邓之诚　《中华二千年史》（香港1964版）

丁易　《明代特务政治》（北京1950版）

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吴晗　《朱元璋传》（香港传记文学社翻本）

吴晗　《明代的军兵》（《中国社会经济史集刊》5：2，1937）

吴泽　《儒教叛徒李卓吾》（上海1949版）

《武宗实录》（台北1965版）

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俞大猷　《正气堂集》（1884版）