秦始皇的下一步措施，是沿用郡县制。

天下初定，如何治理国家成了首要问题。对此，丞相王绾建议道：“如今我国疆域甚广，偏远地区实在鞭长莫及。不如将宗室贵族分封至各地，让他们作为诸侯治理地方。”

廷尉李斯强烈反对道：“让宗室贵族在偏远地区当诸侯，万一有人趁机坐大怎么办。且我朝兼并六国，统一天下，福泽百姓，已经杜绝诸强争霸这一弊端，怎能再像前朝那样给自己制造威胁。”

李斯说得没错。战国中期以后，以“战国四公子”中齐国孟尝君与楚国春申君为代表的宗室贵族和异姓功臣，便借机成了权势凌驾于国君之上的强者。

既然地方势力坐大是引发天下动荡的根源，那么就要避免这种情况发生。秦始皇不再封宗室贵族为各地的诸侯，而是采取郡县制。郡县制制度下将全国分为三十六郡，在郡下设县，由中央直接管辖全国。

其实，郡县制并非秦始皇首创，秦国一直采用的都是这种制度。齐国、楚国、韩国、魏国等其他国家，则是将各地赐给宗室贵族或有功之臣做封邑，并封其为君。封君因此获得实权，羽翼渐丰[此处是指封君制，这是与郡县制相辅的重要制度。封君权力受限制，且难以世袭。与秦国相比，其他国家对封君的约束程度稍低，比如楚国的封君在封邑内享有土地占有权、行政权等。]。然而，秦国很早就选择从中央派遣官员治理地方，避免让宗室贵族成为封君。所以，秦始皇只是把之前秦国施行的制度推行到全国而已。

三十六郡的最高行政长官郡守由朝廷任命，从都城咸阳直接派出。郡守不允许世袭，且会有任地的调动。一旦接到朝廷的调令，就必须奉命前往指定地点。