1998年末的台北市长选举，被认为是“世纪对决”。国民党及民进党中生代的超级精英马英九及陈水扁，终于正面交锋。双方可说是旗鼓相当，战情紧凑。陈水扁挟着四年市长任内高达七成的高支持率寻求连任，而马英九又以一贯清廉、形象佳，再加上泛国民党大团结特点，可以说是来势汹汹。

马英九在1997年白晓燕案后就因表示对政局失望，请辞“政务委员”的工作，回到大学里教书。当时面对陈水扁的势在必得，1998年的台北市长选举，国民党可是一点儿信心都没有，几个被点名的人都认为是去当炮灰的。唯一有实力的宋楚瑜，那时候却因冻省问题已经与国民党中央闹翻了，摆明就是不出来参选。而马英九，也好几次表明绝对不会参选，国民党简直就是陷入了窘境。

但是，除了马英九，谁还有能力跟陈水扁一搏呢？虽然马英九已经表明态度，但大家都知道，他最后一定会参选的。果然，他在最后一刻决定接受征召，参选台北市长，并且，宣布竞选那一天，支持率马上超越陈水扁。国民党可说是起死回生，士气突然大涨。

而当时的陈水扁可说是声望如日中天，在市政上的政绩做得有目共睹，领导能力又强，很快成为民进党内掌握资源最多的人。1997年县、市长的选举，他以个人名义成立的助选团为各县、市民进党候选人助选，所到之处皆引起轰动，全台掀起一阵陈水扁热潮，也让民进党的县、市长席位首次超越国民党。

反正，这一年的台北市长选举是双雄对决。其实，还有一个新党的王建瑄。这时王建瑄的角色就相当微妙了。因为陈、马两人的支持率几乎一样，虽然一般都认为陈水扁会当选，他所到之处的确人人为之疯狂，尤其是年轻族群。但实际上马英九一直领先陈水扁些微的票数，所以王建瑄能得到多少选票，就关系着这场选战谁能胜利。

陈水扁在这场选战中简直将行销策略发挥得淋漓尽致。在这次选战中，陈水扁除了本身的竞选总部外，另外成立了一个名为“扁帽工厂”的另类竞选总部。那是一整栋充满了后现代气氛、像PUB一样的建筑，里面有咖啡吧、演讲厅、视听间等。而所谓“扁帽”，那是一顶墨绿色的毛线帽，本来只是筹备选举经费而做的义卖品，没想到这个玩意儿的推出却意外地造成全台的大抢购，成为当年的时尚流行商品，全台湾到处都可以看到有人戴着扁帽。于是，陈水扁方面索性将“扁帽工厂”作为一个创意性品牌，继续推出一些周边商品，如个性笔记本、鼠标垫、马克杯等，也造成一股收集及流行的热潮。一件由政治人物产生的附属产品，竟变成商场上供不应求的热卖商品，我看世界上也只有把选举当成全民运动的台湾会创造这样的奇迹。

但这次选战，陈水扁却犯了一个错误：越到选战后面，越来越挑起省籍情结，又有民进党内人士说马英九是“新卖台集团”的一分子，结果，选战越打越悲情，反而不如四年前那充满了“快乐、希望”的气氛。虽然这次选战，省籍因素也没有全面发酵，但陈阵营的某些言论的确刺激着外省族群。

反观马英九阵营，选战越到后面越欢乐，泛国民党阵营算是团结了起来。所以在他的场子里，不只可以看到国民党党旗，还会有新党党旗。

马英九这场选战越打越欢乐，陈水扁则是越打越悲愤。这种情况在选前一夜两方的造势大会上特别明显。陈这边，不断地重复以往民进党一贯的台湾人悲情诉求。反观马这边，现场越来越HIGH。“电视机前面的朋友们，快来现场跟我们一起欢呼！”镜头里的马英九这样热情地说，让当时很多支持陈水扁的年轻人也忍不住心动。

结果隔天，马英九以6%的优势击败陈水扁。这次选战是国民党分裂后的首次大团结，但同时也造成了新党的泡沫化。陈水扁落选致词时也算够有风度的。过不久，陈水扁将市长交接给马英九。谁知道10年后他们两个又交接了一次。

陈水扁拥有大批的年轻支持者，其实很多人都没有投票权，只是跟着喊爽而已。但两年后的大选，他们都已经可以投票了，成为一股有力的票源。

同时间的高雄市长选举，一样翻盘，民进党的市长候选人谢长廷，南下远征，击败了时任的市长吴敦义。到此，台湾北蓝南绿的局面基本上已经形成。