传教士在顺治身边走动，为整个传教事业换来了十多年风平浪静的局面。传教士的好日子在顺治死后四年，也就是1664年结束。这一年，汤若望被参劾，罪名包括谋反在内的多条。大部分罪名经审查都子虚乌有，但汤若望还是栽在一桩他完全意想不到的事件上。1658年，也就是被参劾前六年，那时顺治还健在。顺治最爱的董鄂妃为他生了一个儿子，可惜三个月就夭折了。朝廷各部门各司其职，按照既定程序把这个夭折的皇子安葬了。而汤若望最后被定罪的关键一条，就是他把这位皇子埋葬地的风水算错了，而且被认定这导致了二十三岁的顺治在皇子下葬后不到三年，也就是1661年，就英年早逝了。汤若望是当时负责选风水的钦天监监正，是该部门的第一负责人。参劾汤若望的核心人物是杨光先（1597-1669），他在崇祯时期就以参劾大臣得名。除了参劾葬址风水问题以外，杨光先还参劾了汤若望和他的天主教有谋反举动，因此全国各地的传教士都被各省官员押送到京接受调查。经过八个月的调查，1665年4月朝廷认定钦天监确实选址有误，但是传教士没有谋反之事。结案结论是汤若望以及钦天监内一帮汉官是有意错选埋葬风水，判决凌迟处死。巧合的是，结案不久，北京发生了一场地震，当时人认为这是案中有冤情之故。顺治皇帝的母亲孝庄太皇太后直接出面干预，汤若望被赦免死罪。不过，其他汉官没有被赦免，只是没有凌迟，5月被处斩了。

整个案子审了八个月。由于风水对错、安葬时间等都涉及历法计算，历史上又称此案为“清初历狱”。汤若望这位洋神父是案子的中心人物，因而这个案子长期以来被视为中西文明冲突的一个案例。但这种文化冲突理论有个根本缺陷，就是没有考虑作为统治者的满人，他们扮演了什么角色？满人在中西冲突的二元对立理论中直接被忽视了，或者说因为最后的判决是偏向杨光先，中西冲突理论就把满人简单看成了汉人文人士子的代言人。而且最后的结果，好像是杨光先获胜了，但实际上传教士基本没有损失。整个案子最大的受害方是钦天监里的汉人，核心成员都被处斩了。

满人在整个案子中的关键作用其实随处可见。首先这个案子不是朝廷系统中的任何一个部门在处理，而是由凌驾于朝廷系统之上的满蒙权贵组成的议政王大臣会议成员在负责调查。其次，由于整个案子是议政王大臣会议在负责，所有案件的材料都是用满文书写的；有汉人证人出席的证词也都直接翻译成了满文，没有原始汉文记录。这两点就已经说明这是一个满人办的案子，他们才是控制整个案子走向的一方。最后，从历史的大环境上说，案子发生在顺治死后四年，康熙尚幼，还未亲政。这段时期朝政由四大辅政大臣打理，有些历史中，也称这段时期为“鳌拜专权时期”。1669年康熙智擒鳌拜是历史、小说、影视剧中都广为流传的桥段。而从1661年顺治驾崩算起，鳌拜专权时期持续了八年。对传教士来说，鳌拜专权时期的历狱一案让他们认清了世道，明白了该如何在满人的天下生存。而就这个案子来说，核心问题是为什么这个关于风水的案子会在选址下葬数年以后突然被翻出来？这一切就得从顺治驾崩说起。