明清之交，战争连绵，人口锐减。据估计，大概有四千万人死亡，占了当时两亿人口的20％。面对尸横遍野的场面，传教士将其比喻为基督教传说中的“最后审判”。在那些动荡的岁月中，在华教会并没有统一的部署，传教士投靠归顺哪一方，完全取决于他们自已对形势的判断和估计。汤若望神父在清军入京以后就归顺了大清。但谢务禄神父就死心塌地地效忠于明朝廷，跟着南明朝廷一路南撤。另外，浙江的耶稣会神父卫匡国先是忠于南明朝廷，后来1645年清军打到浙江的时候，他按照清军要求换了一身衣服，就算投靠满人了。当时，教会没有办法准确预测到底明清双方谁会是最后的胜利者，因而到底该投靠哪一方，完全是传教士自己的选择。

1650年以后，尽管南方很多传教士知道清军势如破竹，一路向南，也知道汤若望神父在北京大清朝廷中有了官位，但他们还是没有放弃南明复国的希望。来华的传教士文化程度都很高，他们内心深处是欣赏中国传统文化的，希望明朝能够复国。他们当时叫满人为“鞑靼”人，认为满人入侵是蛮族入侵。“鞑靼”这个词本身在欧洲就有来自蛮荒之地的意思。现在一些欧洲餐馆的菜谱上还能看到一道菜叫“鞑靼牛肉”（Tartar Steak）。这道菜的主体是一个生鸡蛋打开后淋在一块切成肉末的生牛肉上。整盘菜完全生吃，不做任何烹调。“鞑靼牛肉”是不是真的来自满人已不可考，不过这道菜很具体形象地刻画出欧洲人印象中“鞑靼”的原始感。

从传教角度看，追随南明朝廷的传教士还是很成功的。他们已经成功接触到了南明皇帝及其身边的人。卜弥格（Michel Boym）和瞿安德（Andreas Xavier Koffler）神父为南明永历帝的生母王太后施洗，给她取的天主教名字为海伦娜（Helena）。瞿安德神父把王太后受洗的消息传回了欧洲，认为要是南明能够复国，会对天主教在华传播极其有利。卜弥格神父更是在1651年带着王太后的信，返回了欧洲，甚至在欧洲游说各国派兵援助南明。

澳门隔岸观火的传教士，可能由于身在局外，因而罗马认为他们发回的报告更客观。经过比较和对形势的推测，澳门传教士认为在清廷的汤若望比在南明朝廷的传教士对未来在华的传教事业发展更有利。41650年，卫匡国神父被派遣返回欧洲全面报告在华的传教事业。卫匡国神父对满人统治持正面意见，这和他自己以及北京神父与满人高层的接触有关，他们认为满人统治是有利于天主教在华传播的。除了向罗马汇报在华传教事业以外，卫匡国神父的另一个重要任务就是在欧洲招募更多的神父到中国来传教，为长期在华传教打下基础。卫匡国神父还带了一个年轻的华人到欧洲学习天主教。这个人叫郑玛诺，字惟信，后来在欧洲加入了耶稣会，也是历史上第一个加入耶稣会的华人神父。卫匡国1653年到达挪威，从那里进入欧洲大陆。去罗马汇报之前，他用了一年时间在欧洲各国巡游，积极宣传中国的传教事业。这一年中，他还出版了三本关于中国的书，其中一本叫《鞑靼战纪》，就是关于满人历史以及他们如何一步步征服中国的书。这三本书在当时都是畅销书，被翻译成了欧洲各种文字。1656年，返回中国的时候，卫匡国顺利招募到十名传教士跟他一起到中国。

卫匡国神父返华后五年，于1661年病逝于杭州，他是第一个回欧洲乐观介绍清朝统治的神父。他对未来的乐观估计首先来自于他自己的切身感受。当清朝军队打到浙江的时候，并没有为难他，反而对他礼遇有加，后来还保护了他和他的教堂。另一方面是来自于北京耶稣会传教士的消息，他们已经在北京朝廷建立起了关系网。当时汤若望在清廷做官，同时还和顺治皇帝有私交。那时在华的传教士都知道，顺治皇帝几次拜访汤若望的教堂，还公开用满文喊汤若望爷爷（玛法）。另一方面，利类思和安文思神父在北京与佟家有关系，而且在佟家引荐下，顺治皇帝让安文思做自己西洋器物的管家。”前文已经提到过，汤若望与利类思、安文思神父分属两派，互相不合，但神奇的是，两派都通过自己的关系网与顺治皇帝建立起了私人关系，并且都得到了顺治的信任。比起明朝崇祯的时候，传教士在顺治这里的情况可以说要好很多。对于传教士来说，顺治皇帝不是高高在上的一个符号，反而是一个有血有肉的、可以一起谈话聊天的皇帝。

不过，十几岁的顺治皇帝虽然对汤若望讲的东西以及安文思带来的西方机械小物件都有兴趣，但这并不是这些传教士能够接近顺治的原因。准确来说，应该是这些传教士首先找到了关系，有机会接近顺治，顺治才开始对他们的东西感兴趣。汤若望是范文程引荐给顺治的，而安文思是通过佟家的关系接触到的顺治。另外，顺治虽然对传教士讲的东西有兴趣，但他自己是虔诚信佛的，他把浙江天童寺住持木陈忞请入宫中内廷，常年讲法。汤若望写回欧洲的信中，也承认了这一点，说顺治常年被和尚“迷惑”。”顺治笃信佛教，后来还一度在宫中落发潜修。以至于后来民间有传说，他并没有去世而是上五台山出家了。所以传教士虽然和顺治有很多往来，但这些往来停留在世俗层面，是基于君臣关系和主奴关系的，和天主教信仰无关。