上面提到北京传教士求雍正开恩，让各地传教士可以去广州的折子。对于这个折子，雍正给了回复。这个回复应该是雍正第一次正式向传教士解释他为何禁教。他的朱批是这样写的：

朕自即位以来，诸政悉遵圣祖皇帝宪章旧典，与天下兴利除弊。今令尔等往住澳门一事，皆因福建省住居西洋人在地方生事惑众。朕因封疆大臣之请、廷议之奏施行政者，公事也。朕岂可以私恩惠尔等，以废国家之舆论乎？今尔等既哀恳乞求，朕亦只可谕广东督抚暂不催逼，令地方大吏确议再定。

由于传教士的折子不是以私人的密折形式递交给雍正，而是通过内阁传递，这样一来，雍正的回复就是公文性质。他知道他的回复内阁里的人都会看，所以这个回复有很明显的官腔。回复的实际意思是同意晓谕广东不要催逼传教士，但前面一大部分是在为其禁教做解释。雍正一开头就声称他继位以来，一直遵循康熙的政策。而禁教是“封疆大臣之请”，结果是大臣“廷议”的结果。这样一来，雍正把自己在里面的角色撇得干干净净，而他只是在根据朝臣意思办“公事”罢了。

雍正在一封给两广总督孔毓珣的御旨中还解释过他为何禁教。孔毓珣于1724年4月出任两广总督。他是山东曲阜人，据称是孔子的后代，当然也是汉人。他接替的是杨琳。杨琳是八旗里面的汉军旗人。在满人内部，汉军旗人是被当满人看待的。杨琳给康熙上奏折都是以奴才自称。他在广东任上七年，帮助康熙处理了很多西洋事务，跟各路洋人传教士都有私交。杨琳被调离两广总督职位后，雍正没有给他新的任用。孔毓珣上任后向雍正汇报了他了解到的西洋人以及传教士的情况。他上任之时，禁教谕旨已经颁布了三个月。他说他调查广东各地后，并未见传教士有违法乱纪之事。他也不知道到底雍正禁教的目的是什么，只能附和礼部的处理意见。雍正收到孔的上奏后，给了他回复，回复是这样写的：

朕不甚恶西洋之教，但与中国无甚益处，不过从众议耳。你酌量，如果无害，外国人一切从宽为好。恐你不达朕意，过严，则又不是矣。”2

这封回复中，雍正让孔毓珣从宽对待传教士之前，简单解释了他禁教的原因，他是“从众议”。这里雍正又把禁教归结为朝廷廷议结果，说明这不是他的个人意愿。

为什么雍正在两次解释中都把禁教原因推到朝廷众议上面？原因可能很简单，因为他根本就没有一个令人信服，特别是让这些朝廷高官信服的理由。如果天主教或者传教士当时真有什么问题，他完全可以直接坦白地告诉他的朝臣，不用把禁教的决定推到“众议”上。还有一点，雍正反复说明禁教不是他的个人意思，其实正说明当时的官场就是这样认为的，所以雍正才感觉有必要反复说明。