1806年5月20日：约翰·穆勒在伦敦郊区出生。其父詹姆斯·穆勒是19世纪苏格兰著名历史学家、经济学家，著有《英属印度史》一书，与大卫·李嘉图一同是古典经济学的代表人物。

1809年：穆勒三岁，开始学习希腊文。《伊索寓言》是他阅读的第一部希腊文作品，之后他还阅读了色诺芬的《远征记》、“历史之父”希罗多德的全部作品以及苏格拉底和柏拉图的部分作品。

1814年：穆勒八岁，开始学习拉丁文、几何与代数，同时希腊文功底大有长进，希腊悲剧大师欧里庇得斯和索福克勒斯的作品、修昔底德的作品、《荷马史诗》和亚里士多德的《修辞学》均在他的涉猎范围之内。

1817—1818年：穆勒汇编了一本罗马政府的历史，虽然他后来觉得这部作品很不成熟，将手稿全部废弃了。1818年，穆勒开始学习逻辑学，研读亚里士多德的《工具论》。

1820年5月初：14岁的穆勒受边沁的弟弟之邀，去法国住了一段时间，在蒙彼利埃大学的朗泰里克教授的私人指导下，学会了高等数学课程，并听了很多科学方面的讲座。1821年7月，穆勒回到英国。

1821—1822年：穆勒向父亲的朋友约翰·奥斯丁学习罗马法，在此期间他接触了边沁的主要思想，开启了穆勒人生的新纪元，也是他思想历程的重大转折点之一。

1823年：穆勒在父亲工作的东印度公司得到一个职位，在印度通信检查署工作。穆勒在东印度公司工作了35年，直到东印度公司被关闭为止。同年，边沁创立了《威斯敏斯特评论报》，大力支持宣传哲学激进主义。

1824—1825年：穆勒担当了边沁作品《司法证据原理》的编辑工作，这让他的写作能力得到了很好的培养。完成这项编辑工作之后，穆勒写的每一部作品，比之前写的任何东西都明显好很多。

1826年：穆勒遭遇了一次重大的精神危机，他对边沁的功利主义理论产生了怀疑，从而怀疑生命的意义。但他最终成功地走出危机，对边沁的理论也不再盲从，并从自己的体验出发，给功利主义注入了更人性化的内容。

1830年：穆勒认识了哈丽特·泰勒夫人，两人做了20年的朋友，才结为夫妻，哈丽特对穆勒自由主义思想的形成发挥了重大影响，《论自由》开篇即是穆勒对她的致谢。

1836年6月23日：父亲詹姆斯·穆勒去世。同年，穆勒任《伦敦与威斯敏斯特评论报》（原《威斯敏斯特评论报》）主编。

1837年：穆勒重新开始写《逻辑学体系》，这部作品他在五年前已经开始构思，但由于自己没有接受足够的逻辑学训练而搁置，其间他接触了孔德的《实证哲学教程》，两人在逻辑学方面一拍即合，却因政治理念不同而不欢而散。

1840—1841年：1840年夏秋，穆勒完成了《逻辑学体系》的全部初稿，但在1841年4月至年底，穆勒又对它从头到尾彻底改写了一番，他的所有作品都是用这种写作方式完成的——每一本书至少写作两遍。

1843年：在蛰伏一年后，《逻辑学体系》正式出版。

1845—1847年：1845年秋，穆勒开始写作《政治经济学原理》，并于1847年底前完稿。在近两年的时间里，穆勒还特地抽出6个月时间，为《纪事晨报》撰稿，敦促建立爱尔兰农民对荒地的所有权。

1848年：《政治经济学原理》正式出版，不到一年就卖出1000册。1849年春第二版又印了1000册，第三版于1852年卖出了1250册，成为当时的畅销书。

1851年4月：穆勒与哈丽特·泰勒正式结为夫妻。

1856年：穆勒在东印度公司已经工作了33年，经多次晋升后，他被提拔为办事处主任，这个职位也就是印度通讯审查员，是东印度公司国内部仅次于部长的最高职位。同年，穆勒与哈丽特一起开始创作《论自由》。

1858年：东印度公司被撤销，穆勒因此退休。1858年11月3日，在前往蒙彼利埃的途中，哈丽特·泰勒在阿维尼翁因肺部突然充血而病逝，本应于1858年底完稿的《论自由》因此推迟。爱妻亡后，穆勒在她的墓地附近买了一栋小屋，和她的女儿海伦·泰勒在余生的大部分时间都住在那里。

1859年：《论自由》正式出版，该书是自由主义理论的集大成之作，被誉为对“个人自由最热情、最有力的辩护”。

1861年：《代议制政府》正式出版，经过多年的思考，穆勒认为代议制是最好的民主政体形式。

1863年：《功利主义》正式出版，这是穆勒从堆积的手稿里拿走了一部分未出版的文章，都是婚姻生活的最后几年写成的。功利主义提倡追求“最多数人的最大幸福”。

1865年：威斯敏斯特的一些选民建议穆勒加入议会，穆勒参选，以几百张票的领先优势战胜了保守党的竞争对手，成为议员。在任职期间，为改革法案与劳动阶级的利益做出了很大的贡献，并且极力参与政治与社会改革工作。

1866年：穆勒呈递了一份由许多杰出妇女签名的争取选举权的请愿书，支持妇女参选。

1868年：穆勒在新一届的威斯敏斯特选举中竞选失败，穆勒回到阿维尼翁，享受田园生活。

1869年：与《代议制政府》同时期创作的《论妇女的从属地位》正式出版，继女海伦·泰勒为这本书增加了很多重要的想法，而在属于穆勒的部分里，穆勒觉得，最显著、最深刻的部分是哈丽特写的，这是他们共同的思想财产。

1870年：穆勒完成了他的自传。自传最终于1875年由继女海伦·泰勒整理出版。

1873年5月8日：穆勒在阿维尼翁逝世。