捻军平定，朝野上下都彻底松了一口气。接下来的环节当然是论功行赏。

当初朝廷让曾国藩回任两江负责供饷，曾国藩本来非常不情愿。李鸿章接手后，还是依照曾国藩的河防之策，才取得成功。因此朝廷对曾国藩难免有一丝愧疚。论功行赏之时，曾国藩因首倡河防之策而被授为武英殿大学士（“文华”“武英”两个大学士在大学士中居首），并于同治七年（1868）七月二十日，奉命调任直隶总督。

直隶总督是“疆臣之首”，也就是在天下督抚中地位第一，因此从两江调任直隶可以算作是对曾国藩的酬功[当然，这也是一箭双雕之举，朝廷派了非湘军出身的马新贻接任两江，湘军集团手中一个重要位置被外人接手了。]。同时，直隶官场腐败、风气败坏，地方也不安静，是朝廷的心腹之患。由曾国藩这样的能臣治理一番，也许会有起色。曾国藩赴任之前进京觐见慈禧太后，慈禧多次提及他的重点任务是练兵治吏：“直隶空虚，地方是要紧的。你须好好练兵。吏治也极废弛，你须认真整顿。”[《曾国藩全集·日记》4，岳麓书社，2011年，第127页。]

而李鸿章所得的赏封还不如曾国藩高，只获得一个协办大学士：“李鸿章等平捻有功，积年巨寇，从此肃清，朕甚嘉慰。……李鸿章以湖广总督协办大学士。”

很显然，朝廷故技重施，原来是防范湘军，现在又“扬湘抑淮”了。因为淮军现在已经是天下最有力量的武装。当然，曾国藩和李鸿章对这种伎俩都一目了然，并没有因此而产生芥蒂。

同治七年（1868）九月二十六日，曾国藩与新任两江总督马新贻办了交卸，十一月初四日，登舟北行。阖城大小官员绅民争相送别，盛况空前。曾国藩在日记中说：

全城的绅民百姓观者如堵，热闹非凡，“家家香烛、爆竹拜送”，这样的盛况在一个官员调离之际并不常见，民众的情感显然是自发的，以致让曾国藩感到“如好花盛开，过于烂漫”。曾国藩督江数年，得此回报，心中在“惴栗”的同时，当然更备感欣慰。

直隶总督驻保定[全称为“总督直隶等处地方，提督军务、粮饷、管理河道兼巡抚事”，领保定、正定、大名、顺德、广平、天津、河间、承德、永平、朝阳、宣化十一府，因为手握兵权、负有拱卫京师之重责，故在有清一代一直是最重要的一个总督职位。]，在赴保定就任途中，曾国藩一路留心考察直隶的吏治，结果令他十分惊讶。他说直隶“风气之坏，竟为各省所未闻”[《曾国藩全集·奏稿》10，岳麓书社，2011年，第313页。]，“此间吏治极坏”[《曾国藩全集·书信》9，岳麓书社，2011年，第516页。]。他发现，有的地方官到任一年多，竟然没有升堂问过一次案。至于官员贪墨不法的传闻，遍地皆是。

曾国藩决心对当地官场痛加整顿，“大加参劾”。同治八年（1869）四月，曾国藩第一批就参劾了十一名劣员。这十一人均为知县、知府以上官吏，大都是捐班出身，或是“性情卑鄙，操守不洁”，或是“擅作威福，物议沸腾”，或是“品行卑污，工于逢迎”，或是“专事夤缘，贪而多诈”，或是“浮征勒派，民怨尤甚”[《曾国藩全集·奏稿》10，岳麓书社，2011年，第352页。]。九月上旬，他又递上第二批名单，参劾劣员八名。

汰换官员之外，曾国藩整顿直隶吏治的另一个着力点是清理积案。直省“风气甚坏”的一个重要表现是各级官员懒于公事。曾国藩发现直隶积压的同治七年以前的案件竟达一万二千余件。这些案件，有的拖了二三年，有的一拖就是八九年。曾国藩说：“吏治之疲，民生之困，端由于此。”[《曾国藩全集·奏稿》10，岳麓书社，2011年，第348页。]

曾国藩接印视事仅一个月时间，就拿出了积案处理方案，规定上司要下属查明或办理的事，都要明定期限，违限记过，凡小过达到六次，大过达到三次，就要撤差罢官。

在他的严厉督促下，整个直隶官场迅速行动起来。到同治九年（1870）二月初二日，也就是曾国藩接直隶总督印一年后，曾国藩奏报说，已经结清了同治七年以前的旧案一万二千零七十四件，同治八年以来的新案两万八千一百二十一件；现在旧案只剩九十五件，新案只剩两千九百四十件。

在如此短的时间之内，将这三万余件复杂的新旧案件据实迅速结案，实在不是一件轻而易举的事情，可见曾国藩付出心血之巨大。接印半个月后，他在家书中这样告诉儿子曾纪泽：“吾自初二接印，至今半月。公事较之江督任内多至三倍，无要紧者，皆刑名案件，与六部例稿相似，竟日无片刻读书之暇。做官如此，真味同嚼蜡矣。”[《曾国藩全集·家书》2，岳麓书社，2011年，第509页。]

直隶总督的工作量，是两江总督时的三倍。每天居然抽不出一点儿时间来读书，以至让曾国藩感觉每天过得味同嚼蜡。

不过曾国藩的心血没有白费。他的所作所为给全国各省树立了良好的榜样。他制定的《直隶清讼事宜十条》及《直隶清讼限期功过章程》切中时弊，有可操作性，不久就被朝廷多次印行，颁发各省，以便各地督抚参照执行。

就在曾国藩拼了老命，准备将整顿吏治进行到底之际，发生了著名的“天津教案”，打断了他的吏治进程。