洪堡不顾一切地想要避开战场，于是决定改变去往柏林的路径。途经意大利北部的科莫湖时，他见到了亚历山德罗·伏打，这位意大利科学家刚刚发明了电池。恰值初冬时节，翻越阿尔卑斯山的途中风雪交加，洪堡和盖伊-吕萨克需要冒着雨雪和冰雹前行。一路向北，洪堡在德国各州拜访了一些老朋友，并在哥廷根见到了他旧日的师长，约翰·弗里德里希·布卢门巴赫。1805 年 11 月 16 日，即他返回欧洲一年多之后，亚历山大·冯·洪堡和盖伊-吕萨克一起到达柏林。

在巴黎和罗马生活过之后，柏林对洪堡而言就显得狭小而偏僻，周围平坦的乡间地势也给人单调乏味之感。已经习惯雨林湿热气候的洪堡选择了最坏的季节回到家乡。初冬的柏林寒气逼人，不出几个星期，洪堡就病倒了，浑身都出现了麻疹般的肿块，高烧不断、虚弱无力。1806 年 2 月初，他给歌德写信，抱怨天气坏得令人难以忍受。他已经具有“热带体质”，不再适应德国北部潮湿寒冷的气候。

从到达的第一天起，他就想要离开。在这里如何能够工作并找到志趣相投的朋友呢？城中连一所大学都没有，走在路上，地面好像在烧灼脚底，令他焦躁难耐。然而国王腓特烈·威廉三世却为这位普鲁士名人的回归而欣喜不已，因为这位驰名欧洲的勇敢探险家将为宫廷增添光彩。

国王慷慨地为洪堡提供一年 2 500 塔勒的薪水，并且没有附加任何义务。这在当时可是一笔不小的收入，手艺高超的木匠或者细木工匠每年的收入不过 200 塔勒。但与威廉·冯·洪堡作为普鲁士大使的每年 13 400 塔勒相比，这又算不上什么。国王还任命亚历山大为总管大臣，并且不需应允任何条件。洪堡几乎花光了他继承到的财产，因此需要这笔钱；但与此同时，他又抱怨国王的恩宠“令人窒息”。124 腓特烈·威廉三世性格阴沉而节俭，并不是一位善于鼓舞人心的君王。不像他的父亲腓特烈·威廉二世，他既不寻欢作乐，对艺术也缺乏兴趣，更没有其伯叔祖父腓特烈大帝在军事和科学上的雄才。据说，拿破仑曾经这样评论腓特烈·威廉三世：他应该当一名裁缝，因为他“对为一名战士制作军装需要多少码的布料了解得一清二楚”。

洪堡为宫廷琐事的牵绊而感到尴尬，要求朋友们不要公开他的王室职务。这或许是明智的，因为很多人都很震惊，这位热衷追求自由，并且支持革命的洪堡先生竟然愿意屈膝成为国王的臣仆。利奥波德·冯·布赫抱怨道，洪堡现在待在宫里的时间比那些真正的廷臣还长；还批评他不踏踏实实地进行科学研究，而是醉心于宫廷的飞短流长。这样的指责颇不公平，因为洪堡对科学的倾注远胜过对王室事务的关注。虽然他必须经常出现在宫中，但他仍然找机会在柏林科学院演讲、写作以及继续自己始于南美洲的地磁观测，并将新旧数据进行比较。

一位旧日的家族老友、富有的酿酒坊主让洪堡住在他的花园别墅里。别墅地处施普雷河畔，往南走几百码就是著名的菩提树下大街。这座小房子设施简朴，但洪堡十分满意。这不仅能为他省去开销，还能有助于他专心地进行磁学观测。他专门在花园中建了一间小屋，全部通过木结构连接，不使用一片金属和一枚钉子，彻底排除可能对测量造成的影响。在一段时间内，他和一位同事连续几天记录数据，每半小时一次。他们夜以继日，只能抽空打个盹。这次实验共收获了 6 000 多笔数据，可把他们累坏了。

1806 年 4 月初，和洪堡一起待了一年的盖伊-吕萨克返回巴黎。留在柏林的洪堡郁郁寡欢，十分孤独。几天后，他给友人写信，抱怨自己过得“与世隔绝，像个陌生人”。普鲁士于他而言更像是一个陌生的国度。洪堡还在为邦普兰负责的植物学著作焦虑。这部描述他们从拉丁美洲获得的植物标本的专业书籍将以科学家为主要目标读者。作为一名专业的植物学家，邦普兰比洪堡更合适写作此书。然而邦普兰却在尽可能地拖延：他从未真正地喜爱过描述植物标本的枯燥工作，与漫长的案头写作相比，他更喜欢去丰茂的雨林探险。洪堡对此很失望，一再催促邦普兰加快进度。而当邦普兰终于将一些样稿寄到柏林时，洪堡又生气地发现了很多错误。他认为邦普兰太不重视表达的精确性，“特别是在拉丁文解释以及数字方面”。

但邦普兰拒绝赶工，而且宣布将离开巴黎，去往下一次探险。洪堡感到绝望：他已经将自己的植物标本分送给欧洲的藏家，并且还在为手头的其他图书项目忙碌奔波。他迫切需要邦普兰集中精力来完成植物学报告，但他也逐渐失去了耐性。然而别无他法，他只有接连给这位老朋友去信，在信中百般哄劝、抱怨和恳求。

洪堡自己对待工作则勤奋得多。他已经完成了《去往新大陆赤道地区的旅行》（Voyage to the Equinoctial Regions of the New Continent）的第一册（最后共计 34 卷），该册题为《植物地理学随笔》（Essay on the Geography of Plants），发表了法文和德文版本。其中收录了那幅壮丽的“自然之图”。这幅图包含了他关于自然之内部关联性与整体性的新想法，草绘于南美洲的旅途中。正文中的大部分都旨在解释这幅图，类似于批注或一条很长的说明。洪堡在序言中写道：“本书的大部分写作都在它所描述的事物近旁完成——在钦博拉索峰的山脚下，在南太平洋岸边。”

“自然之图”最终被制成长三英尺、宽两英尺的铜版画折页，手工上色。图中展示了根据纬度与海拔高度分布的气候带和各类植被的相互对应关系，其底本是洪堡离开钦博拉索峰后所画的草图。洪堡已经准备好向世界呈现一种全新的看待植物的方式，他决定通过一幅图来达成这一愿景。“自然之图”将钦博拉索峰分为几个横截带，分别描述了从山脚到雪线的植物分布。在旁边空白的天空部分，他注明了其他山峰的高度：勃朗峰、维苏威火山、科托帕希峰，以及盖伊-吕萨克在巴黎乘坐热气球所达到的高度。他还标出自己和邦普兰、蒙图法尔在钦博拉索峰所攀登到的最高处，并不能自已地在下面注明了德拉孔达米纳和布盖于 18 世纪 30 年代到达的位置。山峰左右两侧的若干列栏目提供了详细的数据，例如重力、温度、空气的化学组成以及水的沸点，都按海拔高度加以整理。洪堡以清晰的结构解释与比较了一切数据。

洪堡对一位友人说，他采用这种富有视觉冲击力的呈现方式，是为了唤起读者的想象力：因为“世人喜欢眼见为实”。《植物地理学随笔》将植物放在更宽广的视野中进行观察，将自然看作大千现象相互作用所形成的整体。他说，自己采用了“疏阔的线条”去描绘这个世界。这是有史以来第一部生态学专著。

在此之前的几个世纪中，植物学研究被分类系统所主导。人们曾经按照各类实用角度对植物进行分类——例如药用价值或装饰性，又或是根据它们的气息、味道和可食用性。在 17 世纪的科学革命中，植物学家试图找到更理性的分类方式，即根据不同结构中的共性与特性来界定物种，例如种子、叶片和花等。事实上，这是一种将秩序加于自然之上的尝试。18 世纪上半叶，瑞典植物学家卡尔·林奈在分类学上取得了革命性突破，即按照生殖器官（柱头和雄蕊）的数量来对被子植物进行分类。18 世纪末，一些继起的分类方法得到了更多关注，但植物学依旧以分类系统为最根本的研究手段。

《植物地理学随笔》（下称《随笔》）则推崇另一种理解自然的方式。洪堡的旅行给了他独特的思考角度：他认为，南美洲是世界上最能体现“自然中的联系”的地方。他还将前几年接受到的想法整理成更普适的观念。例如，他的老师约翰·弗里德里希·布卢门巴赫提出过关于“生命之力”的理论，认为一切生命共同构成一个有机的整体。洪堡将这一想法应用于整个自然，试图呈现植物、气候与地理环境之间的联系，而并不仅仅关注单个的有机体。他按照分布地带和区域对植被进行分组，而不是将它们分入某个特定的分类学单元；他在书中解释了植被带的概念，称它们为“在全球范围内铺展开来的‘长条形带’”。（洪堡在书中极其详尽地讲解了植物的分布。他将墨西哥高海拔地区的针叶林与加拿大的进行比较，另外又比较了安第斯山脉的橡树、松树和开花灌木与北方（与南美洲相比）的植被。他还提到，在马格达莱纳河的河岸上，有一种苔藓与挪威的另一种极其相似。）他为西方科学界提供了一种全新的看待自然世界的视角。

洪堡给“自然之图”加上了详细的注释，并辅以大量表格、统计数据和引用文献。他将人类的文化活动与生物圈和物理环境交织在一起，绘制出一幅展示全球模式的图。

数千年来，庄稼谷物和蔬菜水果都跟随着人类的脚步传播，它们跨过大洲，远渡重洋。人类将植物带到新的家园，也改变了地球的面貌。

农业将植物与政治和经济挂钩，无数战争因抢夺植物资源而爆发，茶叶、蔗糖和烟草等商品左右了庞大帝国的发展进程。有些植物在向洪堡启示自然规律的同时，也向他揭示了人类的活动；另一些植物则让他认识到地理变迁，标识出大陆漂移的轨迹。洪堡写道，沿海植被惊人的相似性提示了非洲与南美洲之间的“远古”联系，并表明某些相互孤立的岛屿可能曾经一度相连。这一结论无疑是石破天惊的：100 年后，科学家们才开始讨论大陆板块漂移现象以及其中的原理。洪堡像阅读书本一样地“阅读”植物，从中发现了塑造自然的全球性因素，以及文明和陆地的迁移。从未有人这样研究过植物学。

《随笔》所揭示出的那些极难想象的相似性，以及书中所附的精美“自然之图”，都照亮了一张长久以来都不为人知的生命之网。建立联系是洪堡思考的根本。他写道，自然是“整体的体现”，科学家必须以整体的眼光来看待全球的植物、动物以及岩石圈，否则就会犯下短视的错误，就像宣称“已经按照自己近旁小山的形状”重构了整个世界的地质学家一样荒谬。科学家应该走出阁楼，去探索真实的世界。

同样具有革命性的，是洪堡对于“唤醒我们的想象力与灵魂”的期许。在德文版的前言中，他反复地强调了这一点，并提到弗雷德里希·谢林的自然哲学。1798 年，23 岁的谢林出任耶拿大学的哲学教授，并迅速成为歌德小圈子中的重要成员。他的“自然哲学”成为德国唯心主义和浪漫主义的理论基石。谢林主张“整体把握自然之必要性”，拒绝在内在与外在、自我的主观世界与自然的客观世界之间划出一道不可逾越的鸿沟。谢林强调人与自然通过生命的力量相连通，认为自我与自然之间存在有机的联系。他宣称：“自身即等同于自然。”这一信条将为浪漫主义者去荒野自然寻找自我本心打下基础。洪堡相信，唯有到了南美洲，他才找到了真正的自我。因此，谢林的理论对他无疑具有巨大的吸引力。

洪堡对谢林的引用还说明他在过去十年中发生的巨大变化。他认为谢林的思想有助于揭开科学的另一面。虽然并没有彻底偏离启蒙时期的理性方法，但洪堡已经悄悄地为主观世界开启了一扇大门。一位友人致信谢林，称洪堡这位“实证主义王子”已经发生了彻底的转变。虽然很多科学家都对谢林的自然哲学不以为然，认为这与实证研究和科学方法背道而驰，但洪堡坚持认为启蒙思想与谢林的学说并不是“争吵不休的两极”。恰好相反——谢林对统一性的强调成了洪堡理解自然的基石。

谢林提出，“有机体”的概念应该是理解自然的起点。自然不是一个机械系统，而是具有生命的整体。就像一台机械钟表与一只动物的区别：前者的部件可以拆开重组，而动物不行——自然是统一的整体，各个部件唯有合而为一才能运转。洪堡曾致信谢林，表示这一转变不亚于科学中的一场“革命”，从“堆砌起来的枯燥事实”和“粗糙的实证主义”转向了别处。

当然，最早向他提及这些想法的还是歌德。洪堡没有忘记耶拿的时光，以及歌德的自然观念对他产生的深远影响。他后来告诉歌德，将自然与想象力交织起来，是源于“您作品的影响”。为了感谢他，洪堡将《植物地理学随笔》题献给这位老朋友。《随笔》的封面绘有阿波罗——这位诗歌之神正在揭开自然女神的面纱。诗歌是理解神秘的自然世界所必需的钥匙。作为回报，在小说《亲和力》中，歌德让其中一位主要人物奥蒂莉（Ottilie）说出这样的台词：“我多么希望能够亲自聆听洪堡的言辞！”

1807 年 3 月，歌德收到《随笔》后立即“狼吞虎咽地”读完，并且在数日内重读了若干次。洪堡的新想法如此富有启示，歌德迫切希望和别人讨论。（歌德的唯一抱怨在于那幅关键性的“自然之图”没有附在书中一起寄到。他于是决定自己创作一幅画，寄给了洪堡，“一半玩笑，一半严肃”。七个星期后，歌德终于收到了丢失的“自然之图”，他兴奋地将它带在身边，在度假的时候都将它钉在墙上，不时观看。）两周后，他以《随笔》的内容为基础，特地在耶拿举办了一场关于植物学的演讲。歌德写道：“洪堡用这阵美学的微风，为科学吹亮了闪耀的火炬。”

《随笔》于 1807 年初在德国问世，而洪堡当时返回巴黎的计划又再次受到战争与政治的阻挠。自 1795 年 4 月签订《巴塞尔和约》（Peace of Basle）以来，普鲁士已有超过十年的时间没有参与过拿破仑与欧洲联军的战争。腓特烈·威廉三世决意在这场僵局中保持中立。当时的舆论认为，这一决定等于示弱，而国王也因此受到欧洲各国的冷落。但是，在 1805 年 12 月的奥斯特利茨战役之后，神圣罗马帝国解体，拿破仑于 1806 年夏天建立了所谓的莱茵邦联，十六个日耳曼州与拿破仑结盟，承认其为他们的保护人。事实上，这成了法国与中欧之间的一道缓冲地带。没有参与这一邦联的普鲁士则日益为法国对其领土的步步进逼而忧虑。在法国军队挑起若干起边界冲突之后，普鲁士终于在 1806 年 10 月向法国宣战。然而，此时的他们已经没有可以相互依仗的盟友。这是灾难性的一步棋。

10 月 14 日，拿破仑的军队在耶拿和奥尔施泰特歼灭了普鲁士军，他们在一日之内就将普鲁士的领土削减了一半之多。两周后，拿破仑抵达柏林，战败的普鲁士人与法国签订《提尔西特条约》，将易北河以西和东边的部分土地割让给法国。除了将部分区域直接并入法国，拿破仑也创立了一些新的邦国——名义上独立，实则受法国控制——例如威斯特法伦王国，其统治者是拿破仑的弟弟，战略上完全依附于法国。

普鲁士失去了欧洲大国的地位。法国在《提尔西特条约》中索要了巨额赔款，进一步使普鲁士的经济停滞不前。丢失的大片疆土中还包括原有的大部分学术中心，例如位于哈雷的规模宏大且最为著名的大学，当时被划定归威斯特法伦王国所有。普鲁士只剩下两所大学：一所在柯尼斯堡，该校最有名的教授伊曼纽尔·康德刚于 1804 年去世；另一所地方学府则位于勃兰登堡的奥得河畔法兰克福，洪堡 18 岁时曾在那里度过一个学期。

洪堡致信友人，称自己像被“埋葬在祖国郁郁不欢的瓦砾中”。“为何我没有在奥里诺科河畔的雨林中或安第斯山巅住下来？”忧郁的他埋首于工作，藏身于柏林的小花园别墅中：案头是成堆的笔记、在拉丁美洲记下的日记以及大量书籍。洪堡同时在推进若干部书稿，但其中帮助他度过最艰难时刻的还属《自然之观点》（Views of Nature）。它将成为洪堡最受欢迎的著作，被翻译成 11 种语言，畅销各国。洪堡在该书中创立了一种新的体裁，将生动的文字、丰富的景物描写与科学观察结合起来，是今日自然文学的范本。在自己所有的著作中，《自然之观点》也是他最喜爱的一部。

《自然之观点》重现了安第斯山巅的寂静，以及雨林生境的丰润与富饶；书中还展现了流星雨的魅力，还有在亚诺斯平原捕捉电鳗的残酷奇观。在他的笔下，“地球闪耀的子宫”“珍宝点缀的河岸”洋溢其中；沙漠是“流沙之海”，舒展的树叶“迎向初升的太阳”，猿猴的“长声哀鸣”回荡在密林之间。洪堡回忆道，奥里诺科河的急流激起一阵阵水雾，彩虹在其间跳动，如同捉迷藏般的“光学魔法”。他乐于创造一个个富有诗意的生动场景，例如，他会这样描写某种奇特的昆虫：“将它们发红的磷光浇注到芳草覆盖的土地上，地面荧荧发光，好像是富有生命的火焰在燃烧，又仿佛天上的星幕沉降到了地表。”

这是一部不回避诗意抒情的科学著作。对洪堡而言，文笔和内容一样重要。他不允许出版商更动哪怕一个音节，这么做也是为了保证文字的“旋律性”不受破坏。公众可以略过那些更为详细的科学解释，因为这些占据大量篇幅的细节藏在每章末尾的注释里。（这些注释本身也极其优美：有些是小型散文，另一些是散碎想法，或指向未来的可能发现。比如洪堡就是在注释中讨论了演化的概念，远远早于达尔文的《物种起源》。）

在《自然之观点》中，洪堡展示了自然对人类想象力的影响。他写道，自然以神秘的方式与我们的内心情感沟通。例如，仰望晴朗的蓝天时所激发起的情感反应，完全不同于看到阴云密布时的心情；满是香蕉和棕榈树的热带景象也不同于开阔的白桦林。我们今天对于情绪与外界环境的关联早已习以为常，然而对洪堡那个时代的读者而言，这却是全新的发现。诗人或许早就知道这些，但从没有科学家这样尝试过。

《自然之观点》再次将自然比作一张生命之网，植物与动物相互依赖，世界生机勃勃。洪堡强调“自然力量的内部联系”，将非洲的沙漠与委内瑞拉的亚诺斯平原以及欧洲的荒原相比较：虽然它们相隔万里，但可以合为“一种自然图像”。从“自然之图”开始的思考变得更加宽泛，他开始用“自然之图”的概念解释自己的新想法。那已经不仅仅是一幅图了，它可以扩展为《自然之观点》这样的文章、一场演讲，又或是一个哲学观点。

《自然之观点》写成之时，普鲁士的政治局势十分堪忧。洪堡在柏林也郁郁寡欢。他邀请读者“与我一起，愉快地走进雨林深处，徜徉在一望无际的草原上，登上安第斯山脉的山脊……在山中等待诸位的是自由！”他希望把读者带到一个远离战争和“生活中的惊涛骇浪”的魔幻世界中去。

歌德告诉洪堡，这种全新书写自然的手法如此引人入胜，甚至让他感觉已经 “跟着你潜入了最荒僻的地带”。无独有偶，另一位友人，法国作家弗朗索瓦-勒内·德·夏多布里昂（Franäois-Ren é de Chateaubriand）也赞扬了这部超凡的著作，称它能让人“相信自己正与他一起乘风破浪，或与他一同迷失在丛林的迷踪险境之中”。在之后的几十年中，《自然之观点》将启发好几代科学家与诗人。亨利·大卫·梭罗和拉尔夫·沃尔多·爱默生都读过这本书，后者曾称，洪堡一举将“布满蛛网”的天空清扫干净。查尔斯·达尔文写信给兄弟，请他寄一本到乌拉圭，这样自己就能在“小猎犬”号航行到那里时收到。19 世纪下半叶，科幻作家儒勒·凡尔纳（Jules Verne）以《雄伟的奥里诺科河》（The Mighty Orinoco）向洪堡致敬，并在《格兰特船长的儿女》（CaptainCarant’s Children）中安排了一位法国探险家：这位探险家坚持认为没有必要再攀登特内里费岛上的泰德峰，因为洪堡已经到过那里。“我还能做些什么呢，”这位帕加奈尔先生问道，“在那位伟人之后？”所以 ，也不难理解《海底两万里》中的尼莫船长为什么收藏了洪堡的全部著作。

滞留在柏林的洪堡仍然渴望冒险，他想要偷偷地逃离柏林。在他看来，装点这座城市的不是知识，而是“繁盛的马铃薯田”。1807 年冬，政治上的风云变幻给了他一手好牌。腓特烈·威廉三世请洪堡协同普鲁士和平使团前往巴黎，国王的弟弟威廉王子将代表普鲁士就提尔西特条约造成的沉重财政负担重新与法国方面进行谈判。他需要一位熟悉法国高官的人士来沟通外交上的门路，而人脉广达的洪堡正是最佳人选。

洪堡开心地接受了这一任命，并于 1807 年 11 月中旬离开柏林。在巴黎，他尽力协调，但拿破仑不愿意妥协。几个月后，威廉王子两手空空地回到普鲁士，而洪堡决定留在巴黎。他在行前就做好了准备，把自己所有的笔记和手稿都一并带到了法国。在普鲁士和法国成为兵戎相见的敌国当口，洪堡却选择忽略政治和爱国主义，把巴黎当作自己的家。他的普鲁士朋友们都十分惊慌，包括威廉：他无法理解弟弟的决定，认为这是不爱国的自私行为。他对卡洛琳娜说：“我不同意亚历山大留在巴黎。”

而洪堡并不介意。他致信腓特烈·威廉三世解释道，柏林缺乏科学家、艺术家和出版商，这使得他的工作无法继续，也无法发表旅行的成果。意外的是，洪堡被允许留在巴黎，并继续默默地收下作为普鲁士总管大臣的薪水。而他再次回到柏林则是 15 年后的事了。