1665年历狱结束后，汤若望在次年去世，京城中的神父都没有官衔，也就没有朝中之人了。在蛰伏了差不多三年半后，1668年12月，耶稣会南怀仁神父突然上书朝廷，参劾杨光先和他负责的钦天监，指出钦天监发布的第二年日历有诸多错误。这时的南怀仁和当年的杨光先一样，都是在无官职的情况下上书朝廷的。这一次，奏本又一次绕过了本应该负责这类事务的礼部，被康熙转给了议政王大臣会议，让他们安排人员来核实日历的对错。后来在二十多位朝廷高官一起观测下，印证了南怀仁的理论是正确的。

康熙绕过了朝廷六部，直接把参劾案放到议政王大臣会议来处理，目的自然不是为了验证一下观测，搞清楚日历对错那么简单，而是意在挖出支持杨光先背后的鳌拜势力。在收到议政王大臣会议上报的观测结果后，康熙在回复中明确要求议政王大臣会议解释，为什么四年前你们说杨光先是对的，现在又说他是错的？这就是要议政王大臣会议继续深挖案情，目的是要牵出鳌拜一党。康熙的回复虽然是以问题的形式发下去的，其实他自己什么都知道。康亲王杰书以及康熙两个舅舅都深入参与了四年前的历狱。有趣的是，康熙在回复中还担心现在的议政王大臣会议不知道去哪里调查，主动在回复中写下了一串人名（包括南怀仁），表示这些人知道当年的案情。

但议政王大臣会议的后续调查并未如康熙所愿，没有把四年前的历狱联系到鳌拜那里，而是把所有错误都归到了杨光先及其手下那里。议政王大臣会议要求把参劾案转交刑部深入调查，并严惩杨光先。走到这一步，康熙也没有办法继续，但他也没听议政王大臣会议的建议，用严惩杨光先来结案，只是把他革职了。

这个参劾案本身不大，但对康熙朝政有非同一般的意义。因为该案是康熙独立处理的第一个朝堂案例。当时康熙十五岁，按南怀仁写回欧洲的信中所言，是“还没长大的孩子”。该案发生前两年，在1667年8月25日，朝廷给康熙举办过一个成年仪式，程序上已经确认康熙可以亲政了。但朝政还是由辅政大臣在处理。1669年这起参劾案为康熙亲政试水提供了一个很好的机会，来向满朝文武展示他已经能乾纲独断，处理朝政了。该案妙处有二：一是涉及的天文观测结果完全可以预测，这样不会出现什么意想不到的事故；二是天文观测的结果是客观的，也就不会产生无休止的朝廷争论，这样一来事件容易把控。最后尽管该案没把鳌拜一党牵连进去，但康熙得以让满朝文武见识了自己的执政能力。

南怀仁的参劾发生在1668年12月，也就是擒拿鳌拜前半年，这正是康熙为擒拿鳌拜做准备的时期。当时宫中的侍卫处内，各派势力都安插了眼线，康熙不能放心使用里面的侍卫。因此康熙以练摔跤为名，组建了一队年轻人人宫，完全听命于他。这队年轻人就是最后擒拿鳌拜的队伍。这个队伍是1668年10月组建的，就在南怀仁参劾前两个月。

南怀仁神父是比利时人，生于1623年10月9日，十八岁时准备去南美最原始最苦的地方传教，后来耶稣会把他派到了中国。他于1658年到达澳门，后来在陕西传教，再后来被汤若望招到北京，帮助他处理钦天监内的事务。1664年历狱发生后，汤若望中风，说话吃力。南怀仁就代表汤若望出席了各种审问。这次参劾杨光先时，南怀仁没有任何官职。

根据传教士记载，在参劾前，范承谟（范文程的儿子）还有一些礼部官员私下来找过他们，把杨光先负责的钦天监编出的日历交给他们，让他们找问题。据安文思神父记载，来找他们的官员表现得很神秘。在与他们会谈前，官员要求神父安排一个秘密的没有闲杂人等的地方会谈。在交代过程中，官员们表示他们说的事情是康熙面对面口头交代的。从他们的言谈举止中，安文思神父已察觉到这些官员交代的事情，并不是找日历中的问题那么简单。他猜测背后有更深远的谋划，只是并不知道是什么。

三位神父中，南怀仁最懂天文，找问题的任务自然落在了他的身上。来找传教士的范承谟出身的范家在努尔哈赤时代就和佟家是一个派系的，属于八旗汉军的核心势力。范家和佟家互相之间多次联姻，是亲上加亲的关系。尽管康熙背后势力筹划扳倒鳌拜的过程现已不可考，但可以确知的部分是，南怀仁突然上书参劾杨光先，卷到朝廷纷争中，不是他自己的主意。站在神父的角度来看，南怀仁参劾杨光先对他自己以及传教事业都没有好处。神父到中国是来传教的，朝廷参劾，无论输赢，都是树敌的举动，对传教没有任何意义。同时，如果不是康熙亲自支持，南怀仁作为一个无官无职的人来参劾，朝廷大概率也不会受理，更不可能得到康熙的详细批复，再转到议政王大臣会议处理。另外，从南怀仁的经历也可以看出，他是一个典型的天主教神父，一生都在尽量避免卷入朝堂纷争之中。即使是在参劾杨光先的折子中，南怀仁都还心存愧疚，在结尾部分，写自己是“自幼学道，口不言人之长短”。 1668年参劾杨光先是南怀仁在康熙朝廷几十年中唯一一次主动参劾他人的例子。总而言之，各种迹象都表明传教士受到了康熙背后势力的指使。

如果说南怀仁参劾杨光先和康熙擒拿鳌拜二者发生时间接近还有可能是巧合的话，那么传教士在擒拿鳌拜以后的动作就确认了他们在康熙政治圈中的地位。在鳌拜被擒的一个月之内，利类思在1669年6月14日执笔代表在京三位传教士上书朝廷，请求为1665年的历狱平反。用利类思奏折上的话来说，就是“今权奸败露之日，正是奇冤暴白之时”。作为修行之人，利类思的汉文奏折行文比较克制，没有明确点名鳌拜，但是当时朝堂上下也都明白其所指。利类思上书并不是要参与朝廷斗争，其主要目的很现实，就是把上次案件中被收缴去的教堂教产要回来。月，南怀仁再次上奏朝廷，直接指明杨光先就是鳌拜党羽，要求给1665年的历狱翻案。当时朝堂上下正在追查康熙侍卫中的鳌拜党羽，整个案件处在关键时刻。1669年8月27日，作为侍卫统领之一的巴布尔善及其党羽都被定罪。九天之后，9月5日，康亲王杰书上书康熙，代表议政王大臣会议回复南怀仁所请。首先，康亲王确认杨光先为鳌拜党羽。其次，他建议推翻1665年历狱的所有判决。对于已在1666年中风过世的汤若望，建议恢复其名誉，把收缴的属于汤若望的教堂教产归还给传教士，同时按照汤若望在世时的官品给予相应的丧葬待遇。对于那些已经被正法的官员，给予家人补偿；被流放的，调回京城；降职的，官复原职。康亲王同时建议，当年由于1665年历狱而流放广州的二十四位传教士也应一并召回京城。除了召回广州传教士这一条，康熙允准了康亲王的所有建议。十五天后，朝廷正式恢复了汤若望的品衔，并宣告以后对汤若望的祭祀都将按其在世时的品衔进行。是年12月，康熙亲自为汤若望撰写了墓志铭，并刻在了他的墓碑上。康亲王和康熙的这一系列举动其实就是对传教士之前参与铲除鳌拜的报答。要是传教士没有参与其中，康亲王哪有可能第一时间来帮传教士翻案。当时朝廷等待翻案的案子尚有许多，而康亲王在处理完巴布尔善九天后就帮传教士处理此案，这从哪个角度都不能不说是特别关照后的结果。

时间点是了解传教士参与鳌拜案的关键。1669年历法之争的起始结束都和康熙铲除鳌拜势力的布局紧密相连。这并不是巧合。南怀仁混迹北京多年，又亲历了四年前持续了八个月的历法案，他比谁都明白历法对错不是什么学术争论，而是刀光剑影的政治斗争。在他用拉丁文写回欧洲的信中，就明确写了辅政大臣鳌拜是杨光先的靠山；33同时他还告诉欧洲，少年康熙和鳌拜各自都在暗中争权。他的信中，还回答了一个清史中找不到答案的问题，就是康熙早年为什么不把案件送到朝廷六部处理，而是转交到议政王大臣会议。比如像1669年的历法之争，按规矩应该是礼部牵头来调查。南怀仁在信中解释，因为朝廷六部里面都是鳌拜的人，而在议政王大臣会议这边，康熙有一个他信赖的小圈子，不仅可以为康熙提供建议，还有足够的势力和鳌拜的人周旋。从南怀仁信中提到的内部权斗信息，就可以看出他是康熙圈子内部的人。

1668年开始的历法之争只是康熙清除鳌拜集团众多操作中的一个小环节。尽管案件本身并没有影响到鳌拜，但这让康熙一派摸清了鳌拜一党在朝廷高层的分布。天象观测的结果是客观结果，谁对谁错一目了然。而面对这个客观结果，议政王大臣会议中各人的不同反应，就显示了其人的政治倾向。这为后面迅速清理整个鳌拜网络提供了关键讯息。