乾隆三十八年（1773），64岁的舒赫德重返京城。考虑到舒赫德此前已经先后掌管过兵部、户部、工部、刑部四部，经验丰富，可以统筹各方，因此，舒赫德直接被乾隆任命为武英殿大学士兼太子太保，入军机处，成为清朝核心决策圈的重要一员。而此时正逢乾隆朝满洲顶级官员凋零之际，乾隆朝第三任首席大军机富察·傅恒，已于三年前病逝；第四任首席大军机章佳·尹继善，同样已于两年病逝。

如今的军机处，放眼望去，刘统勋、刘纶和于敏中三位汉族官员位居前三。因此，彼时重返京城、重返军机处的舒赫德，已然成了满洲官员最后的门面。毕竟其他满洲官员的功勋相比参加过平准、平回战争，历任四部、统领天山的舒赫德，实在相差甚远。

而舒赫德重返军机处后不久，又发生了意外——乾隆朝第五任首席大军机刘统勋病逝在了上早朝的路上。

刘统勋去世后，乾隆朝第六任首席大军机究竟是谁，历史上是有争议的。按《清史稿·军机大臣年表一》的排位，刘统勋去世后，首席大军机应为于敏中。但按《乾隆朝上谕档》的署名排序，刘统勋死后，军机处由舒赫德领衔。这二位究竟谁是乾隆朝第六任首席大军机，至今无明确结论，但较多人认为是于敏中。不过，刘统勋临终前，似乎是有意让舒赫德接班首席大军机的。史书记载：

（舒赫德）后内任金吾，外掌军旅，皆以刚正见称，故刘文正公力挽为相。[昭梿：《啸亭续录》卷三，《舒文襄公末节》，中华书局，1980，第452页。]

舒赫德的刚直形象深入人心，因而刘统勋力荐舒赫德。

然而，无论于敏中与舒赫德究竟谁为乾隆朝第六任首席大军机，但有一点是确定的——从乾隆三十八年到乾隆四十二年（1777），这四年，乾隆朝满洲大臣中地位最高的人便是舒赫德。

舒赫德在军机处的那几年里，除了日常处理政务、编书之外，还在乾隆三十九年（1774），65岁高龄时办成了一件大事。当时，黄河需修筑坝口，舒赫德奉命离京督工。结果舒赫德刚一离京，便传来了山东爆发王伦起义的军报。

王伦本是贫苦农民出身，因不堪忍受政府的横征暴敛，在乾隆三十九年的八月份发动起义。由于山东当地官兵久疏战阵，难以招架，一时之间，王伦起义的声势如火如荼。史书记载：

（乾隆）三十九年八月，山东寿张民王伦为乱，破寿张、堂邑、阳谷，犯东昌及临清，夺粮艘为浮桥，欲渡运河。[赵尔巽等：《清史稿》卷三百二十四，《列传一百十一·周元理》，中华书局，1977，第10834页。]

眼看着王伦起义的规模越来越大，乾隆一边调兵，一边让原本要去督工修河坝的舒赫德赶紧前往山东前线指挥作战。在西北打过不少仗的舒赫德，如今镇压农民起义，自然思路明确。最终，在舒赫德的指挥下，清军分三路围攻，未及一个月，王伦便力战不敌，自焚而死。

于王伦而言，舒赫德自然是镇压农民起义的恶贼；于乾隆而言，舒赫德却是危急时刻力挽狂澜的良臣。后来，凭借着平定王伦起义的战绩，在二平金川胜利后乾隆再绘紫光阁时，舒赫德尽管没能前往四川前线，依然在紫光阁获得了第二张属于自己的画像，这也成了舒赫德在乾隆朝的最后荣光。

平定王伦起义三年后，乾隆四十二年，舒赫德因病逝世，终年68岁。

回顾舒赫德一生，前40年顺风顺水，中间19年几经波折，最后的七八年老而弥坚。仕途虽三次遭到打击，但实话讲，除了第二次错放准噶尔部落确有错误之外，另外两次，舒赫德本人的判断并无什么错误。舒赫德认为阿睦尔撒纳不可全信，后阿睦尔撒纳果然叛乱；舒赫德认为缅甸不宜强攻，后第四次清缅战争也的确以议和收场，阿里衮和傅恒还因在缅甸染病相继去世。

只是舒赫德不管几经打击，其对形势的判断和对责任的担当，都从未令人失望。无论是兵围阿睦尔撒纳家属，还是强拆兆惠的军情文书，舒赫德从来考虑的都是何事该做，而不是如何免责。

这大概便是舒赫德一生纵有三落，也能三起，最终成为满臣门面的原因所在。