曾国藩再度出山之后，一开始境遇仍然处于困难当中。因为皇帝仍然不想给他督抚之权，只是拿他救急，让他当抵挡石达开的游击之师。

咸丰八年（1858）九月，曾国藩到达江西。此时石达开已经转赴福建，曾国藩遂计划追随入闽。不料咸丰九年（1859）秋，石达开部又试图转战四川以开辟新局面。咸丰皇帝见状大惊，仓皇议防，命曾国藩率军入川。

胡林翼一看，认为这是帮曾国藩争取一个督抚头衔的好机会。于是他与咸丰皇帝的亲信官文合作，帮曾国藩运动“四川总督”这一职位。

胡林翼的性格特点是明敏、坚毅、精于权术。此时他已经以极为高明的手腕，笼络和操纵住了湖广总督官文。

咸丰五年（1855）四月，即胡林翼署湖北巡抚才一个多月，朝廷即将当时任荆州将军的官文擢授为湖广总督，其用意显然是以满族亲信来监视和牵制胡林翼。

胡林翼的政治信条是“一朝权在手，便把令来行”，既然当了巡抚，就一定要包揽湖北全权，把权力用足用全，全面治理整顿，来实现自己的政治理想。但是，要包揽全权，他就必须先收服自己的顶头上司官文。

官文是个成事不足败事有余的庸官，为人“忌刻倾险，尽是内务府气习”。官文手下的官员，也多是无耻之辈。胡林翼与官文刻意交好，凡有功劳，皆推让于官文。他还千方百计讨好官文的小妾，让自己的母亲收其为义女，“家人往来如骨肉焉”[徐凌霄、徐一士：《凌霄一士随笔》4，山西古籍出版社，1997年，第1429～1430页。]。官文出身内务府，骄奢成性，挥霍无度。胡林翼就给他提供大笔钱财。官文既收了这些好处，也就不得不被胡林翼“左右之”，成了被胡林翼操纵的牵线木偶。

胡林翼听说皇帝命曾国藩入川，便“频说官文合奏，请诏曾国藩援蜀，冀朝命以授总督”[王闿运、郭振墉等：《湘军志　湘军志评议　续湘军志》，岳麓书社，1983年，第55页。]。他要求官文“精心结撰”一封奏折，密荐曾国藩取代新任川督黄宗汉。“尤以必得总督为要。”[胡林翼撰，胡渐逵、胡遂、邓立勋校点：《胡林翼集》2，岳麓书社，2008年，第299页。]

官文倒也听话，真的花了心思写了一封奏折说：

理由说得非常充分。可是咸丰皇帝实在是太固执了，亲信的意见竟也不起作用。疏入之后，咸丰仍施故技，只令曾国藩入川督军，并不授予总督之职。这样一来，如果曾国藩应命入川，就会重复他在江西被当地官员玩得团团转的悲惨经历。何况曾国藩和胡林翼都知道，石达开西进，表面上声势浩大，实际上已经成为流贼，变成强弩之末，并不足为虑。

于是，胡林翼转而计划留下曾国藩和他一起进军安徽。原来在曾国藩出山不久，就发生了三河惨败，安徽全省陷入危局。

曾国藩家居期间，在胡林翼的调护下，湘军抓住了天京内讧的机会，本来在战局上取得很大进展。咸丰七年（1857），胡林翼视师九江，制定围攻方略。湘军于围城十六个月之后，终于次年四月攻占九江，并基本收复江西全境。接下来，胡林翼就准备进军安徽。同时江南江北大营军进展也不错，本来形势似乎一片大好。

谁也没想到，已经濒死的太平天国居然又渐渐恢复活力。石达开出走之后，洪秀全放手起用陈玉成、李秀成等一批年轻有为的天才将领，解决了失去杨秀清、石达开导致的人才危机。李秀成、陈玉成为了解天京之围，施围魏救赵之计，进军安徽，攻下了庐州（今安徽合肥），把江北大营的清军调动出来，破了江北大营。这一胜利使李秀成、陈玉成威名远扬，太平军又重新找到了一度丧失的信心。

庐州就是今天的合肥，安庆失陷后这里就是安徽的省府了。省会失陷当然是大事，所以咸丰皇帝命令正准备进攻安徽他处的湘军名将、罗泽南的接班人李续宾立即移师夺回庐州。李续宾十天之内七奉咸丰皇帝的严命，于是不得不前往攻城。其实咸丰这又是一次瞎指挥，李续宾部只有八千人，并且正当连续作战之后，让他们奔袭数百里，破太平军重重防线，再攻下庐州，是一个几乎不可能完成的任务。但是咸丰一再严命，李继宾也只能尽力而为，他二十天内连陷桐城、舒城，九月底进扎庐州城南七十里的三河镇。

李续宾连年苦战未得休整，进入安徽后又悬军深入，一再分兵，屡犯兵家大忌。三河城小而坚，地当要道，又是太平军的屯粮之所，太平军在此坚固设防，驻扎重兵，使李续宾寸步难行。太平军抓住机会发起围攻，李续宾六千精锐被全歼，李续宾及曾国藩的亲弟弟曾国华皆死于军中。三河一败，太平军乘胜连续拿下舒城、桐城、潜山、太湖，安徽全省糜烂。

李续宾是罗泽南之后湘军最重要的骨干，李继宾部也是湘军最精锐的核心。陈玉成歼此一军，不仅使太平军重振军威，也使整个战局发生重大扭转。曾国藩得信“中夜以思，泪如雨下”。他说：“三河之大变，全局破坏，与咸丰四年冬间相似，情怀难堪。”[《曾国藩全集·家书》1，岳麓书社，2011年，第394页。]也就是说，三河之败对全局的影响与当年湖口之败差不多。胡林翼闻讯也“大恸仆地，呕血不能起”[熊治祁编：《湖南人物年谱》3，湖南人民出版社，2013年，第78页。]。此时胡林翼正因母丧丁忧，因此一败，不得不仓皇复出。

元气大伤的湘军需要整顿，糜烂的安徽局势需要规复。胡林翼于是怂恿官文再次上奏，建议不要让曾国藩入蜀，而是留下来图皖。

官文确实与胡林翼“团结如一人”，马上又老老实实地写了一封奏折，说四川没有安徽重要，不如让曾国藩进军安徽。与此同时，曾国藩虽然不愿奉命入蜀，但也不再像以前那样公开抗旨，而是连上数折，或托词所部正攻打景德镇，无法分身，或者讲可以灭敌于湖南而不必入蜀，或托言江西、安徽当守，多方周旋，刚柔相济。

两方合力之下，皇帝同意曾国藩留下来与胡林翼合军一处，修复湘军战斗力，共谋恢复安徽。曾国藩终于摆脱了西上四川、客军虚寄之苦。

曾国藩后来回忆这段历史说：“（咸丰）八年起复后，倏而入川，倏而援闽，毫不能自主。到九年与鄂合军，胡咏芝（胡林翼）事事相顾，彼此一家，始得稍自展布以有今日，诚令人念之不忘。”[太平天国历史博物馆编：《太平天国史料丛编简辑》第3册，中华书局，1962年，第416页。]